새마을금고는 금융기관 중 최초로 이미 지난 1983년부터 예금자보호제도를 새마을금고법으로 명문화 하였습니다.
새마을금고중앙회에서 예금자보호 준비금을 설치, 운영하여, 일선 새마을금고에서 회원의 예/적금을 환급할 수 없는 경우 예금자보호준비금에서 우선하여 환급해 주도록 한 것 입니다.

2000년도 말까지 동일인에 대한 예금자보호(대위 변제) 한도는 예/적금 전액을 보호하였으나, 2001년 1월 1일부터는 일반금융기관과 마찬가지로 예금주 1인당 원리금을 합하여 5,000만원까지 보장해 드리고 있습니다.

이 밖에도 새마을금고에는 지불준비금제도라는 또 하나의 안전장치가 있습니다.
일선 새마을금고의 여유자금을 연합회에서 상환 준비금 등으로 예치, 2조 6천억 원이 넘는 지불준비금을 확보하고 있으며, 어떤 경우에도 예금자가 원하면 언제든지 예금을 찾을 수 있습니다.

새마을금고의 중앙은행 역할을 수행하고 있는 새마을금고중앙회에는 총 25조 원에 달하는 자금이 조성되어 새마을금고의 원만한 자금수급조절과 금고여유자금의 집중운용을 통한 수익 원을 확보 하기 위해 운영되고 있으며, 타 금융기관과 달리 새마을금고는 회원만을 상대로 대출을 함으로써 기업대출을 할 수 없도록 규정하여 부실여신 발생의 우려가 없도록 안전하게 자금을 운용하고 있습니다.